Durabilitate pe termen lung.
Multe schimbări observate în mediu sunt pe termen lung, apar lent în timp. Agricultura organică ia în considerare efectul pe termen mediu și lung al intervențiilor agricole asupra agro-ecosistemului. Acesta își propune să producă alimente stabilind în același timp un echilibru ecologic pentru a preveni fertilitatea solului sau problemele dăunătorilor. Agricultura organică adoptă o abordare proactivă, spre deosebire de tratarea problemelor după apariția acestora.
Sol. Practicile de construcție a solului, cum ar fi rotațiile culturilor, intercultivarea, asocierile simbiotice, culturile de acoperire, îngrășămintele organice și prelucrarea minimă a solului sunt esențiale pentru practicile organice. Acestea încurajează fauna și flora solului, îmbunătățind formarea și structura solului și creând sisteme mai stabile. La rândul său, ciclul nutrienților și energiei este crescut și abilitățile retentive ale solului pentru nutrienți și apă sunt îmbunătățite, compensând neutilizarea îngrășămintelor minerale. Astfel de tehnici de gestionare joacă, de asemenea, un rol important în controlul eroziunii solului. Durata de timp în care solul este expus forțelor erozive este redusă, biodiversitatea solului este crescută și pierderile de nutrienți sunt reduse, contribuind la menținerea și creșterea productivității solului. Exportul de substanțe nutritive din culturi este de obicei compensat prin resurse regenerabile provenite de la fermă, dar uneori este necesar să se completeze solurile organice cu potasiu, fosfat, calciu, magneziu și oligoelemente din surse externe.
Apă. În multe zone agricole, poluarea cursurilor apelor subterane cu îngrășăminte sintetice și pesticide este o problemă majoră. Deoarece utilizarea acestora este interzisă în agricultura organică, acestea sunt înlocuite cu îngrășăminte organice (de exemplu, compost, gunoi de grajd animal, gunoi verde) și prin utilizarea unei biodiversități mai mari (în ceea ce privește speciile cultivate și vegetația permanentă), îmbunătățind structura solului și apa infiltrare. Sistemele organice bine gestionate, cu abilități mai bune de retenție a nutrienților, reduc foarte mult riscul de poluare a apelor subterane. În unele zone în care poluarea este o problemă reală, conversia la agricultura organică este foarte încurajată ca măsură de restaurare (de exemplu, de către guvernele Franței și Germaniei).
Aerul și schimbările climatice. Agricultura organică reduce consumul de energie neregenerabilă prin scăderea nevoilor agrochimice (acestea necesită cantități mari de combustibili fosili pentru a fi produse). Agricultura organică contribuie la atenuarea efectului de seră și a încălzirii globale prin capacitatea sa de a sechestra carbonul din sol. Multe practici de gestionare utilizate de agricultura organică (de exemplu, prelucrarea la sol minimă, returnarea reziduurilor culturilor în sol, utilizarea culturilor de acoperire și a rotațiilor și integrarea mai mare a leguminoaselor care fixează azotul), măresc revenirea carbonului în sol, sporind productivitatea și favorizând stocarea carbonului. O serie de studii au arătat că conținutul de carbon organic din sol în agricultura ecologică este considerabil mai mare.
Cu cât este reținut mai mult carbon organic în sol, cu atât potențialul de atenuare al agriculturii împotriva schimbărilor climatice este mai mare. Cu toate acestea, există încă multe cercetări necesare în acest domeniu. Există o lipsă de date privind carbonul organic din sol pentru țările în curs de dezvoltare, fără date de comparație a sistemelor agricole din Africa și America Latină și doar date limitate despre stocurile de carbon organic din sol, care sunt cruciale pentru determinarea ratelor de sechestrare a carbonului pentru practicile agricole.
Biodiversitatea.
Fermierii ecologici sunt atât custodi, cât și utilizatori ai biodiversității la toate nivelurile. La nivelul genelor, semințele și rasele tradiționale și adaptate sunt preferate pentru rezistența lor mai mare la boli și rezistența lor la stresul climatic. La nivel de specie, diverse combinații de plante și animale optimizează ciclul de nutrienți și energie pentru producția agricolă. La nivelul ecosistemului, menținerea zonelor naturale din și în jurul câmpurilor organice și absența aporturilor chimice creează habitate adecvate pentru viața sălbatică. Utilizarea frecventă a speciilor subutilizate (adesea ca culturi de rotație pentru a construi fertilitatea solului) reduce eroziunea agro-biodiversității, creând un bazin de gene mai sănătos – baza pentru adaptarea viitoare. Furnizarea de structuri care asigură hrană și adăpost și lipsa utilizării pesticidelor atrag specii noi sau recolonizante în zona organică (atât permanentă, cât și migratoare), inclusiv flora și fauna sălbatică (de exemplu păsări) și organisme benefice sistemului organic precum polenizatorii și prădătorii de dăunători. Numărul de studii privind agricultura ecologică și biodiversitatea a crescut semnificativ în ultimii ani. Un studiu recent care raportează o meta-analiză a 766 de lucrări științifice a concluzionat că agricultura organică produce mai multă biodiversitate decât alte sisteme agricole.
Organisme modificate genetic.
Utilizarea OMG-urilor în cadrul sistemelor organice nu este permisă în nici o etapă de producție, prelucrare sau manipulare a alimentelor organice. Deoarece impactul potențial al OMG-urilor asupra mediului și sănătății nu este pe deplin înțeles, agricultura organică ia măsuri de precauție.